Conflicto entre classes de bootstrap

Los frameworks y librerías nunca  están libres de problemas. Al decir verdad no estoy seguro de poder llamar a esta situación un problema, porque todavía no he encontrado el porque del conflicto.
Lo que si puedo decir es que al parecer existe una diferencia si se utiliza a bootstrap-responsive.min.css vs bootstrap-responsive.css o bootstrap.min.css vs. bootstrap.css.
No me he sentado a revisar en que punto esta el conflicto pero si puedo decir que estas clases minificadas funcionan mejor que las regulares.
Las versiones regulares presentan problemas con la barra de menú al ser visto en una resolucion de móviles.
Mi recomendación es usar las versiones min y así hacemos que todo funciones como debe.
Conseguí algo de tiempo para revisar este problema, aunque no he encontrado una respuesta concreta todavía, he encontrado una discrepancia. bootstrap.css y bootstrap.min.css no muestran problemas. El css conflictivo es bootstrap-responsive.min.css. Trate de comparar las versiones originales y sin comprimir  para ver si hay diferencia, pero no le pude ver.